WGS Implementatie in de standaard Diagnostiek voor Elke kanker patiënt

Door de behandeling af te stemmen op individuele patiënt- en tumoreigenschappen
met behulp van biomarkers die klinische werkzaamheid voorspellen, kan
'precision oncology' ervoor zorgen dat elke patiënt de juiste behandeling op
het juiste moment krijgt. De snelle toename van het aantal nieuwe biomarkers in
de oncologie heeft geleid tot een grote verscheidenheid aan diagnostische
platforms, zoals gerichte next-generation sequencing (NGS) panels,
RNA-gebaseerde NGS-fusieanalyse, Sanger-sequencing, RT-PCR's, FISH en IHC. Al
deze platforms betreffen een klein deel van het diagnostische spectrum en
worden vaak opeenvolgend uitgevoerd om de kosten te verlagen, echter ten koste
van tijd en weefsel. Wanneer nieuwe biomarkers worden toegevoegd, wordt
bovendien vaak een andere test aan deze lijst toegevoegd of moet een bestaande
test worden uitgebreid en (opnieuw) gevalideerd voor de nieuwe biomarker, wat
een aanzienlijke hoeveelheid tijd en middelen kost en de rapportage bemoeilijkt.
We hebben een uitgebreide diagnostische methode nodig die het beschikbare
tumorweefsel optimaal gebruikt in een acceptabele doorlooptijd. Deze
uitgebreide methode moet het tempo bijhouden van het snel veranderende
oncologielandschap met betrekking tot nieuwe biomarkers en klinische studies en
moet resulteren in een uitgebreid, maar toch begrijpelijk, diagnostisch rapport.
Whole Genome Sequencing (WGS) is een volgende generatie NGS-technologie die de
volledige genetische samenstelling en vrijwel alle bovengenoemde tumor
biomarkers in één enkele test in kaart kan brengen. WGS is efficiënt met
betrekking tot weefselconsumptie, omdat het relatief lage hoeveelheden
inputmateriaal vereist. Tegelijkertijd dalen de kosten voor WGS gestaag en
daarom wordt WGS een aantrekkelijk alternatief voor standaard moleculaire
diagnostiek. WGS maakt het daardoor mogelijk om de laboratoriumlogistiek te
vereenvoudigen met een "one-size-fits-all" -test in plaats van meerdere
afzonderlijke testen die moeten worden gevalideerd voor elke nieuwe indicatie.
Ondanks het potentieel van WGS is de werkelijke waarde en haalbaarheid in een
routine diagnostische setting nog niet aangetoond.

Het WIDE-project wil onderzoeken of implementatie van WGS in moleculaire
diagnostiek haalbaar is in de dagelijkse routine van het Antoni van
Leeuwenhoek.

observationeel diagnostisch opeenvolgend cohortonderzoek

Primaire doelstellingen:
- stapsgewijs de haalbaarheid van WGS in de routine oncologische diagnostiek
bevestigen;
- klinisch valideren van WGS in een opeenvolgend prospectief diagnostisch
cohort in het AVL.
- vergelijken van de kosten en baten verbonden aan WGS en de standard
diagnostiek.

Secundaire doelstellingen:
- het onderzoeken van de verschillen in de annotatie en interpretatie van
varianten met behulp van WGS-rapportage versus standard diagnostiek rapportage;
- het identificeren van extra potentiële behandelingsopties die door WGS worden
geïdentificeerd en die niet kunnen worden geïdentificeerd met behulp van
standaard diagnostiek testen;
- het onderzoek van het effect / voordeel van beschikbaarheid van WGS op het
besluitvormingsproces door de behandelende artsen.
- het uitbreiden van de HMF-database met klinische en WGS data van patiënten
voor toekomstige onderzoeksdoeleinden

- Tumormateriaal wordt bij alle patiënten afgenomen als onderdeel van de
routine-diagnostische procedure voor de reguliere zorg. Tumormateriaal betekent
een resectie, een biopt of lichaamsvloeistof waarin zich tumorcellen bevinden.
Er wordt niet meer materiaal afgenomen dan voor de routine diagnostiek
gebruikelijk is. In het geval van een biopt zal er dus ook geen extra
bioptworden afgenomen voor WIDE, dus er zal geen extra belasting zijn voor de
patiënt.
- Een bloedmonster van 10 ml wordt eenmaal afgenomen. Deze bloedafname zal bij
voorkeur plaatsvinden tijdens een reguliere bloedafname die nodig is voor
routinematige zorg. Het risico op bloedafname is verwaarloosbaar.
- Actionable (behandelingsrelevante) kiembaanmutaties (bijvoorbeeld BRCA1/2),
zullen worden gemeld aan de patient als de patiënt ervoor kiest om deze
bevindingen te ontvangen. Dit kan leiden tot informatie over erfelijke aanleg
voor kanker, wat ook gevolgen kan hebben voor familieleden van de patiënt. De
patient kan u op het toestemmingsformulier aangeven of hij/zij op de hoogte
gebracht wilt worden van deze veranderingen in het kiembaan DNA.
- Resultaten van WGS-diagnostiek zullen worden gebruikt ter ondersteuning van
klinische besluitvorming en zorg, waardoor aanvullende
behandelingsmogelijkheden kunnen worden vastgesteld. Deze volgende therapieën
zullen SOC zijn of patiënten zullen worden opgenomen in experimentele
onderzoeken: in reguliere klinische onderzoeken met experimentele middelen of
in het Drug Rediscovery Protocol (DRUP), waarvoor een afzonderlijke
geïnformeerde toestemming zal worden gevraagd. Daarom zal er geen experimentele
interventie worden geïmplementeerd in het huidige project en zal de werkstroom
parallel lopen met de huidige diagnostische en behandelingsstrategieën.