De haalbaarheid om DNA/RNA monsters te genereren van onbehandelde oesofagus adenocarcinoom biopten geschikt voor next-generation sequencing.

Het oesofaguscarcinoom is de snelst groeiende maligniteit in de tractus
digestivus in Nederland. In 2014 waren er 2549 nieuwe diagnoses, waarvan 68%
bestond uit adenocarcinomen en 32% uit plaveiselcelcarcinomen. Neoadjuvante
chemoradiatie gevolgd door radicale chirurgische resectie is de standaard
behandeling in Nederland en biedt de beste kans op genezing. Bij 25% van de
patiënten wordt met neoadjuvante behandeling een complete pathologische respons
bereikt, 35% heeft een partiële respons, 40% heeft geen respons
(non-responders). Patiënten met een adenocarcinoom hebben minder effect van
chemoradiatie dan patiënten met een plaveiselcelcarcinoom. Chemoradiatie gaat
gepaard met toxiciteit waaronder leukopenie, trombocytopenie, vermoeidheid,
misselijkheid en anorexie. Het is van groot klinisch belang de non-responders
te identificeren om het behandelingsregime verder te verfijnen en selectievere
behandelingsmogelijkheden toe te passen. Deze groep patiënten ondergaat nu deze
behandeling met bijkomende toxiciteit zonder daar baat bij te hebben. Bovendien
wordt bij hen de operatie onnodig 3 maanden uitgesteld.
Tot op heden zijn er geen methoden om de respons op neoadjuvante therapie te
voorspellen. Wel heeft onderzoek van onze onderzoeksgroep met tissue micro
arrays van patiënten met een oesofagus adenocarcinoom laten zien dat de
expressie van verschillende biomarkers geassocieerd is met de overleving. Deze
resultaten indiceren dat analyse van meerdere genen nodig is voor een meer
nauwkeurige voorspelling.
Next generation sequencing (NGS) kan leiden tot identificatie van expressie
profielen waarmee respons op neoadjuvante therapie kan worden voorspeld. Dit
zal uiteindelijk leiden tot optimale geïndividualiseerde behandeling van
patiënten met een oesofagus adenocarcinoom. Non-responders zullen hiermee niet
worden blootgesteld aan toxische, ineffectieve therapieën maar direct
chirurgische resectie ondergaan.
Om NGS te kunnen toepassen, is het verkrijgen van hoge kwaliteit DNA of RNA
monsters noodzakelijk. De doel van dit pilot onderzoek zal dan ook zijn om te
kijken naar de haalbaarheid van het genereren van DNA/RNA monsters uit
onbehandelde oesofagus adenocarcinoom biopten geschikt voor next-generation
sequencing.

De haalbaarheid om DNA of RNA monsters te genereren van onbehandelde oesofagus
adenocarcinoom biopten geschikt voor next-generation sequencing.

- De patiënt wordt benaderd door de behandelend arts en geïnformeerd over het
onderzoek. Indien de patiënt geïnteresseerd is, zal er een informatiepakket
worden meegegeven.
- De arts-onderzoeker zal na minimaal 24 uur bedenktijd het
toestemmingsformulier met de patiënt ondertekenen bij het eerstvolgend
polibezoek.
- Op de dag van de standaard endoscopische ultrasonografie, zal de MDL-arts 4
extra tumorbiopten nemen.
- De arts-onderzoeker draagt er zorg voor dat deze op locatie direct worden
bevroren en bij -80ºC worden bewaard in de lokale biobank. Het verzamelen en
opwerken van de biopten zal plaatsvinden aan de hand van de labmanual sampling
instructions for sequencing, opgesteld door de CPCT.
- De afdeling pathologie zal de biopten histologisch beoordelen op de
aanwezigheid van adenocarcinoom en naar de representativiteit en het
tumorpercentage kijken.
- Alleen de biopten met >30% tumorpercentage zullen worden gebruikt voor het
genereren van DNA of RNA monsters.
- Hartwig Medical Foundation zal de aangeleverde samples opwerken en DNA of RNA
extraheren met een geautomatiseerde setup van QiaSymphony.
- Voor het sequencen zijn diverse kwaliteitseisen opgesteld (fresh frozen
bronmateriaal, >30% tumorpercentage, minimaal 500 ng DNA, minimaal 1 microgram
RNA) welke zullen worden nageleefd. Sequencing kan plaatsvinden onder
supervisie van prof. dr. Cuppen. DNA kan gesequenced worden middels whole exome
sequencing waarvoor gebruikt wordt gemaakt van Agilent SureSelect enrichment
gevolgd door sequencing op Illumina Nextsequencing. Voor RNA-sequencing kunnen
samples worden opgewerkt met Illumina Neoprep microfluidics systeem en
gesequenced op Illumina Nextsequencing.
- Data analyse na het sequencen kan vervolgens gebeuren met de standaard CPCT
pipeplines gebaseerd op BWA en GATK richtlijnen.
- De klinische, chirurgische en pathologische variabelen van de geïncludeerde
patiënten worden bijgehouden in onze elektronische database.

Voor het vaststellen van de diagnose en de therapie wordt standaard een
endoscopische ultrasonografie verricht, waarbij biopten worden afgenomen.
Slechts in zeldzame gevallen (<1%) kan een scheurtje of gaatje (perforatie) of
een bloeding in de slokdarmwand ontstaan. Het afnemen van de vier extra biopten
gaat gepaard met hetzelfde risico.