GE-ID studie
Gastro-intestinale Expressie profielen in Immuun-gemedieerde Ziekten studie. Een exploratieve studie naar weefsel-specifieke patronen in ontstekingsziekten van de gastrointestinale tractus.

Rationale: De afgelopen jaren zijn er grote ontwikkelingen geweest op het
gebied van onderzoek naar IBD. Een in Nature Genetics gepubliceerde studie, in
samenwerking met onze onderzoeksgroep, verhoogde het aantal bekende genetische
risk loci voor IBD naar 200. Deze genetische risk loci verklaren de pathologie
van IBD niet voldoende. Combineren van genetische kennis met andere factoren
die een rol spelen bij de ziekte zal helpen de pathologie verder te ontrafelen
en handvaten bieden voor therapieen in de toekomst.

Doelstelling: De primaire doelstelling van dit project is het verkrijgen van
meer inzicht in hoe functionele genetische varianten het immuun system van de
tractus digestivus beinvloeden. Er zal gebruik worden gemaakt van zowel
microbioom als genetische data. Verschillende celtypen (immuun cellen,
fibroblasten, epitheelcellen) zullen in kaart worden gebracht en worden
vergeleken tussen patienten en controles. Data van celspecifieke transcriptoom,
microbioom, genotype en fenotype analyses zullen bioinformatisch worden
geanalyseerd en worden geintegreerd, om uiteindelijk inzicht te krijgen in
ziektemechanismen bij IBD.


Eindtermen: Om genetische, immuuncel en microbioom data te genereren, zullen
ontalsting, bloed en mucosabiopten worden verzameld. Data zal worden
gegenereerd en geanalyseerd en organoiden zullen in vitro worden gemaakt om
gedragingen van epitheelcellen nader te kunnen bestuderen. Inzicht in medische
gegevens en een vragenlijst zullen het mogelijk maken klinische gegevens aan de
overage data te koppelen. Voor IBD patienten is reeds een grote database met
fenotype voor handen, die ter vergelijk van deze studiepopulatie kan dienen
(Parelsnoer Cohort/ UR IBD).

Studie ontwerp: Deze studie is een niet-therapeutische, observationele studie
met invasieve metingen met deelname van mensen en gebruik van humane
lichaamsmaterialen. Patienten die ingepland staan voor een endoscopie op de
Maag-,Darm-,Leverafdeling van het UMCG zullen worden geworven. De data zal
worden gegenereerd en geanalyseerd in zowel de Maag-,Darm-,Leverafdeling als de
Genetica afdeling van het UMCG.

Belasting van de patient en risico*s van deelname: Enkel patienten die een
routine endoscopie ondergaan zullen worden gevraag deel te nemen aan de studie.
Patienten zullen derhalve geen extra ziekenhuisbezoek moeten ondergaan. Uit de
literatuur is bekend dat het nemen van tot 38 extra biopten tijdens endoscopie
het risico op complicaties niet vergroot. (Yao, von Rosenvinge, Groden, &
Mannon, 2009). Omdat bekend is dat het colon en het ileum een verschillende rol
hebben in IBD, zullen beide locaties worden onderzocht. (Baumgart & Sandborn,
2012; Carrasco et al., 2016; Ordás, Eckmann, Talamini, Baumgart, & Sandborn,
2012). Wij zullen tot 12 biopten per locatie nemen, zodat immuun cellen kunnen
worden bestudeerd (8 biopten benodigd, T. Raine, persoonlijke communicatie) en
epitheelcellen kunnen worden geisoleerd (4 biopten benodigd, ervaring van de
onderzoeksgroep). Drie extra buizen bloed (22,5ml) zullen worden afgenomen via
een infuus dat reeds aangelegd is voor de endoscopie. Dit bloed zal voor
DNA/RNA analyse worden gebruikt. Daarnaast zal de patient worden gevraagd
ontlasting te bewaren, wat bij de patient aan huis zal worden opgehaald. Dit
ter analyse van het microbioom. Alle deelnemers worden tenslotte gevraagd een
vragenlijst in te vullen. Wij hebben er vertrouwen in dat de hier beschreven
studie zal bijdragen aan de kennis van de pathogenese van IBD en dat de
resultaten de weg vrijmaken naar betere diagnostiek en behandelingen voor IBD
patienten. Uitendelijk hopen wij dat de resultaten bijdragen aan het
ontwikkelen van een patient-specifieke benadering van de behandeling van IBD.