Next generation sequencing van pathogenen bij neonaten verdacht voor sepsis

Pasgeborenen en vooral te vroeg geboren kinderen, hebben een grote kans op
infecties en juist bij deze groep kunnen de gevolgen van infecties aanzienlijk
zijn omdat organen nog in ontwikkeling zijn en een infectie invloed kan hebben
op deze ontwikkeling. Dit is de reden dat kinderen laagdrempelig behandeld
worden met antibiotica wanneer er gedacht wordt aan een infectie. De
antibiotica die gebruikt worden zijn gericht op meerdere verwekkers en pas
wanneer bekend is om welke verwekker het gaat, kan de antibiotica hierop worden
gericht. De verwekker wordt aangetoond in een bloedkweek. Het duurt minstens 36
uur voordat er een uitslag van een bloedkweek is en indien er groei van een
bacterie wordt gezien dan duurt het nog ongeveer 24 uur voordat duidelijk is
welke bacterie dit is. Behandeling met antibiotica heeft nadelen. Bij te vroeg
geboren kinderen is er een hoger risico op een ontsteking van darmen, een
necrotiserende enterocolitis en op de lange termijn is er een associatie met
ontstekingsziekten.
Bij volwassenen werd aangetoond dat in plaats van een bloedkweek, een nieuwe
methode gebruikt kan worden om een bacterie snel te identificeren en dat dit
een betrouwbare methode is. We denken dat deze methode ook toepasbaar is bij
pasgeborenen maar dat er aanpassingen gedaan moeten worden omdat er een kleiner
volume beschikbaar is en er andere verwekkers van de infectie zullen zijn.
Deze methode maakt gebruik van next generation sequencing (NGS) van cell free
DNA (cfDNA). Er wordt gezocht naar DNA van bacteriën en de hoeveelheid van dit
DNA wordt vergeleken met een controlegroep. Bij overschrijding van een bepaalde
drempelwaarde zou er sprake zijn van een infectie. Binnen een aantal uur kan
bekend zijn of er een infectie is, welke verwekker en hoe deze het beste wordt
behandeld. Hiermee zouden kinderen snel gericht behandeld kunnen worden maar
bij uitsluiten van een infectie ook de behandelduur aanzienlijk kunnen
verkorten en daarmee bijwerkingen kunnen beperken.

Het doel van het onderzoek is om uit te zoeken of het mogelijk is om met een
nieuwe onderzoeksmethode een infectie aan te tonen bij pasgeborenen.

Deze pilot studie is een investigators-initiated studie om proof-of-concept aan
te tonen voor de toepassing van next generation sequencing van cell free DNA
voor de diagnose van sepsis bij neonaten.
Patienten worden geïncludeerd in een monocenter studie op de afdeling
neonatologie in het Maxima Medisch Centrum Veldhoven in Nederland.
Inclusieperiode bedraagt ongeveer 24 maanden.
Er wordt bij 10 pasgeborenen verdacht van een infectie gelijktijdig met de
afname van de bloedkweek, 0.5 ml bloed extra afgenomen.
Daarnaast wordt als controlegroep bij 10 pasgeborenen zonder infectie
gelijktijdig met een reguliere bloedafname, 0.5 ml bloed extra afgenomen.
Deze samples worden direct verwerkt en opgeslagen tot sequencing en analyse.

Risico van deelname aan de studie worden verwaarloosbaar geacht en de belasting
minimaal aangezien er een minimale hoeveelheid extra bloed afgenomen en een
kind niet extra geprikt zal worden. Het betreft 0.5 ml bloed, dit is ongeveer
1% van het circulerend bloedvolume bij een neonaat geboren na 26 weken
zwangerschapsduur met een geboortegewicht van 800 gram. De meeste kinderen
zullen ouder zijn en een hoger geboortegewicht hebben.