"Metabolomics van lysosomale organellen geïsoleerd uit vers perifeer bloed van CLN3-patiënten en gezonde controles en/of alleldragers.*Een proof of principle onderzoek.

CLN3 mutaties zijn de meest voorkomende oorzaak van Juveniele Neuronale Ceroïde
Lipofuscinose (JNCL) en kinderdementie in de westerse wereld. Het CLN3 gen
codeert voor een lysosomaal transmembraan eiwit waarvan de structuur en functie
nog volledig opgehelderd moet worden. Samen met lysosomale enzymen zijn
lysosomale membraaneiwitten essentieel voor de afbraak van eiwitten, lipiden,
oligosacchariden en nucleïnezuren, en de recycling en heraanvoer van bouwstenen
aan de cel. De niet-enzymatische functies van deze lysosomale
transmembraaneiwitten lopen sterk uiteen en omvatten onder meer ionenkanalen
(om de lysosomale ionenhomeostase in stand te houden, de lysosomale
membraanspanning te regelen en de luminale zure pH te handhaven), transporters
van voedingsstoffen voor onder meer aminozuren en lipiden, eiwitten die dienen
als bindmiddel voor inter-organellaire communicatie en eiwitten die een rol
spelen bij het transport en/of de vesiculaire fusie. Tot op heden zijn er geen
behandelingsmogelijkheden voor JNCL(ook, de ziekte van Batten), en is er een
grote behoefte om de CLN3-functie en de onderliggende ziektemechanismen te
begrijpen. Wij menen dat deze kunnen worden ontrafeld door de analyse van het
ziektespecifieke lysosomale metaboloom, proteoom en lipidoom. Perifere witte
bloedmononucleaire cellen (PBMC's) van patiënten vormen een bron van cellen die
kunnen worden verzameld met de minste belasting voor de patiënten, en PBMC's
van CLN3-patiënten zouden van vitaal belang kunnen blijken voor het ontwikkelen
van biomarkers en/ of als controle op mogelijk nieuwe behandelingsstrategieën.

We willen de componenten definiëren die kritisch zijn voor lysosomale
homeostase en die aangetast zijn bij CLN3 ziekte. Daartoe zullen we multi-omics
analyse uitvoeren van lysosomen geïsoleerd uit verse perifere witte bloed
mononucleaire cellen (PBMCs) van patiënten met juveniele CLN3 ziekte. We zullen
1) lysosomale eiwitten, 2) lysosomale metabolieten en 3) lysosomale lipiden
kwantificeren, in vergelijking met controles. We zullen de resultaten ook
vergelijken met die welke reeds verkregen werden met de lysoIP-methodologie in
menselijke CLN3-celmodellen en weefsels uit diermodel, waaronder hersenen van
een CLN3-deficiënt muismodel

Deze studie is een pilot studie en is essentieel om de vraag te beantwoorden of
we onze multi-omics methode kunnen toepassen met behulp van patiënt PBMC's om
een fundamenteel begrip te krijgen van de processen die plaatsvinden in de
lysosomen van CLN3-patiënten

De voorgestelde studie met CLN3-patiënten is een pilotstudie. Het totale aantal
deelnemers wordt bepaald door bevestigde toestemming, beschikbaarheid en aantal
potentiële deelnemers, en haalbaarheid wat betreft het organiseren van
bezoeken. Idealiter zullen wij proberen binnen een kort tijdsbestek meerdere
patiënten in te plannen. Wij schatten dat er 10 deelnemers met de ziekte van
Batten nodig zijn, gegeven de variabiliteit binnen de ziekte. Daarnaast vragen
wij om relevante demografische, genetische en klinische gegevens die
beschikbaar moeten zijn in de medische dossiers van de deelnemers (leeftijd,
geslacht, diagnose, genetische diagnose, klinische presentatie en regelmatige
medicatie). Er is geen onmiddellijk voordeel voor de deelnemers maar
individuele resultaten worden op verzoek wel teruggekoppeld. Wij zullen
eveneens een samenvattende verklaring van significante bevindingen verstrekken.